Narozen v americkém Kentucky, vyrůstal od roku 1974 v rozvedené rodině matky právničky a otce, profesora účetnictví. Michael Shannon začal svoji hereckou dráhu na prknech divadla A Red Orchid Theatre v Chicagu, kde v mládí přebýval u svého otce. Dostával vesměs menší vedlejší role s nimiž začínal i u filmu. Jeho debutem se stal snímek GROUNDHOG DAY (1993).
Nejzásadnějším zlomem v jeho kariéře se však stal rok 2008 a film REVOLUTIONARY ROAD (Nouzový východ), kde ve vedlejší roli psychicky narušeného, ale zároveň geniálního Johna místy zastiňoval svým výkonem i Leonarda DiCapria a Kate Winslet. Za brilantní herecký výkon si Michael Shannon vysloužil několik nominací a ocenění, z nichž nejvýznamnější je bezpochyby nominace na Oskara za herce ve vedlejší roli.