„Všichni jsme začínali v patnácti. Šel jsem rovnou na Barrandov. Byl jsem kluk ze Žižkova, čtyři obecné, pět měšťanek a nazdar tvá Máňa. Byla to škola ulice. Učil jsem se tak, že jsem se chodil každý večer dívat na filmování. Lze se to naučit i bez školy, ale musí být zájem."
Základní vojenskou službu absolvoval v Čs. armádním filmu, poté se vrátil do Filmových studií Barrandov, kde posléze postoupil na místo druhého kameramana. Jako samostatný kameraman debutoval díky Janu Procházkovi v roce 1963 filmem Ivo Nováka Na laně. Několik krátkých filmů natočil s režisérem Vladimírem Sísem (Koncert, Malé hry...). Pro Čs. televizi pracoval v roce 1965 na středometrážním Recitálu (režie Ján Roháč) o divadle Semafor, pro západoněmeckou televizi natočil v roce 1970 v Izraeli svůj poslední film v oficiální produkci Alle hatten sich abgewandt - Všichni se odvrátili (režie Thomas Fantl). V srpnu 1968 nasnímal s produkčním Jaromírem Kallistou téměř 3 500 metrů dokumentárních záběrů z okupace Prahy, z nichž Evald Schorm sestříhal středometrážní esej Zmatek. V lednu 1969 opět s Kallistou a za podpory tehdejšího ředitele Barrandova Vlastimila Harnacha zdokumentoval atmosféru pohřbu Jana Palacha v devítiminutové tryzně Jan 69, sestřižené z asi 2 000 metrů natočeného materiálu. Na základě těchto dvou snímků byl brzy po nástupu normalizačního vedení FSB jedním z prvních, kteří museli Barrandov opustit.
Ještě před svým vynuceným odchodem spolupracoval Stanislav Milota na jednom z nejdůležitějších snímků své kariéry. Spalovač mrtvol (režie Juraj Herz, 1968) má především díky jeho kameře na svoji dobu mnoho netradičních a inovativních záběrů. Milota byl navíc pro film velmi významným přínosem i z hlediska barevnosti snímku. Byl totiž onou osobou, která trvala na černobílém provedení filmu i za cenu hrozby odstoupení z natáčení. Dnes již legendární film získal několik ocenění a v roce 1972 na mezinárodním filmovém festivalu v Sitges v Katalánsku v roce 1972 patřilo jedno z nich právě Stanislavu Milotovi za vynikající kameru.
Na začátku 70. let pracoval ještě po nějakou dobu jako kameraman na cizí jméno (např. s Drahomírou Vihanovou), poté - jako jeden z prvních - podepsal Chartu 77 a pomáhal organizovat provoz bytového divadla své manželky herečky Vlasty Chramostové, která byla v té době stejným způsobem pracovně i občansky vyhoštěna. Dvě z jejích představení zachytil jako kameraman (a současně i filmový režisér) na filmový pás. Vzhledem k postupně se horšícímu zdravotnímu stavu (prodělané mozkové příhody a částečná ztráta zraku) se Stanislav Milota musel své profese definitivně vzdát. Jedním z prostředků obživy obou manželů byla tehdy mimo jiné společná rukodělná výroba lamp z odpadového skla.