Emily Watson vyrůstala v rodině profesorky angličtiny a architekta. Zprvu se zdálo, že půjde v matčiných šlépějích - studovala anglickou literaturu na Bristolské univerzitě. Po jejím ukončení se přihlásila do hereckého kurzu v Londýnském Dramatickém Studiu. Nebyla však ke studiu přijata napoprvé. Až po třech letech, kdy pracovala např. jako servírka či administrativní pracovnice, složila úspěšně talentové zkoušky. V roce 1992 získala angažmá v prestižním divadelním souboru Royal Shakespeare Company, kde se seznámila se svým budoucím manželem - hercem Jackem Watersem. Několik let se pohybovala výhradně v divadelní sféře.
Z dalších snímků jmenujme například GOSFORD PARK (2001), EQUILIBRIUM (2002), ČERVENÝ DRAK (2002) či TV film ŽIVOT A SMRT PETERA SELLERSE (2004), který pro Emily Watson znamenal další nominaci na Zlatý Globus. V roce 2005 propůjčila svůj hlas postavě Viktorie v úspěšném animovaném hororu režiséra Tima Burtona MRTVÁ NEVĚSTA. Emily v současné době žije se svým manželem v Londýně.