Kelly Macdonald se narodila 23. 2. 1976 v Glasgow. Její rodiče se rozvedli, když byla malá. Spolu s matkou a mladším bratrem Davidem se přestěhovali na předměstí, kde Kelly navštěvuje Eastwood High School. V 17 letech odchází zpět do Glasgow se svým přítelem, kde navštěvuje kurzy moderního umění a živí se jako barmanka.
V roce 2003 si Kelly Macdonlad vzala za muže hudebníka Dougieho Payna a v březnu 2008 očekávají narození prvního potomka.