Marie Málková pochází z rodiny četníka, již ve škole se začala zajímat o hudbu, divadlo a literaturu, hrála v dramatickém kroužku, zúčastnila se s úspěchem celostátních recitačních soutěží. V rodném Vysokém Mýtě vystudovala gymnázium, poté absolvovala studium herectví na DAMU a nastoupila do Divadla Na zábradlí (1962-1968). Na této scéně se zařadila mezi mladé ženské opory hereckého souboru, vynikla ve hrách Václava Havla (Vyrozumění, Zahradní slavnost), uplatnila se i v kusech jiných autorů (Král Ubu, Proces). Po roce 1968 kvůli svým svobodomyslným politickým postojům opustila stálé angažmá a zůstala jako herečka na volné noze. Pohostinsky ale našla uplatnění na řadě scén, například v Národním divadle (Matka kuráž, Krvavý soud) nebo v Městských divadlech pražských, hrála také v mimopražských divadlech (Činoherní studio v Ústí nad Labem, Divadlo Vítězného února v Hradci Králové). Až v roce 1983 znovu přijala stálé angažmá, tentokrát v Divadle S. K. Neumanna (Král Oidipus, Hamlet), kde setrvala devět let. V letech 1992-1995 pak znovu hrála v Divadle Na zábradlí. Následujících sedm let pak strávila v Divadle pod Palmovkou (1995-2002). Paradoxně teprve v posledních letech Marie Málková zazářila hned na několika jevištích, znovu hostovala v Divadle Na zábradlí, dále například v Divadle v Dlouhé. Tři roky po sobě získala prestižní Cenu Alfréda Radoka za hlavní ženský herecký výkon (Terasa, 2001; Běsi, 2002; Náměstí hrdinů, 2003). Nevšední herecký projev Marie Málkové vychází z jejího prvního angažmá v Divadle Na zábradlí, ovlivnila ji stylizovaná poetika a absurdní drama, mezi výrazné atributy jejího herectví patří také její zajímavá oduševnělá tvář.
V poslední době se Marie Málková věnuje také pedagogické činnosti, od roku 1996 vyučovala na Vyšší odborné škole herecké, v roce 2005 byla jmenována docentkou na DAMU. Manželem Marie Málkové byl legendární divadelní režisér Jan Grossman (1925-1993).