Ezra Miller se narodil 30. září 1992 ve státě New Jersey v USA do židovské rodiny. Jeho jméno proto pochází z hebrejštiny a znamená ‘pomocník’. Jeho otec Robert pracuje jako nakladatel a matka se věnuje moderním tancům. Jako dítě trpěl vadou řeči a proto začal v šesti letech s operním zpěvem. Díky této aktivitě zpíval například v Metropolitní opeře v New Yorku, nebo také vystupoval na americké premiéře moderní opery Philipa Glasse, White Raven.
Mimo film se věnuje také hudbě. Je členem newyorské kapely Sons of an Illustrious Father, kde hraje na bubny a zpívá.
V rozhovorech přiznává, že je kuřákem marihuany a také často mluví o své sexuální orientaci, která pro něj zatím ještě není úplně jasná.