Mark Linn-Baker se narodil v St.Louis, Missouri matce tanečnici Joan a otci Williamovi Bakerovi, který založil Open Stage Theater v Hartfordu. Odpromoval na Wethersfield High School v Connecticutu v roce 1972 a nastoupil na Yale, kde studoval obor drama, za který získal diplom v roce 1979.
Jeho filmovým debutem byla malá role ve filmu Manhattan od Woodyho Allena, bohužel většina jeho scén byla nakonec z filmu vystřižena. Role se kterou se dostal do povědomí diváku byla role Benjy Stone z filmu Můj oblíbený rok (1982).
Když Mark nedosáhl úspěchu na jevišti ani na filmovém plátně, tak se rozhodl zaměřit na televizní seriály. Objevil se v roce 1984 v seriálu Miami Vice jako Bonzo Barry, v roce 1985 se objevil v seriálu The Recovery Room. V roce 2005 se stal stálou postavou v seriálu Twins, bohužel seriál byl zrušený hned po první sezóně. Také se objevil v menších rolích v seriálech jako Full House, Hangin' With Mr. Cooper nebo Law & Order. Televize se stala jeho koníčkem a tak se začal věnovat i režii pár epizod televizních seriálů, natočil pár epizod seriálu Krok za krokem nebo The Trouble with Larry.
V roce 1995 se oženil s Adrianne Lobel, manželství skončilo v roce 2009 hned po narození jejich dcery. Mark se opět oženil a to v roce 2012 s herečkou Christou Justus.