Mikis Theodorakis se narodil na řeckém ostrově Chios, ale své dětství trávil na několika místech v Řecku (Mytiléna, Kefalénia či Patras). Hudbě se začal věnovat již v dětství. V roce 1943 přišel do Atén, kde se přidal do Řecké osvobozenecké armády. Během občanské války, která vypukla mezi komunistickými a prozápadními silami po 2. světové válce, byl Theodorakis internován na jednom z Jónských ostrovů Ikarii a poté na Makronisu, kde byl mnohokrát mučen a dokonce dvakrát pohřben zaživa. V mezidobí, kdy se nemusel skrývat či nebyl uvězněn se věnoval studiu aténské konzervatoře, kterou roku 1950 ukončil a odešel na Krétu, kde v Chanii vyučoval na hudební konzervatoři.
Do Řecka se Theodorakis vrátil roku 1960 a začal propagovat svůj koncept "metasymfonické hudby", kdy kombinoval klasické přístupy kompozice s použitím moderních přístupů ve skládání. Brzy se stal v Řecku velmi populárním a byl označován za největšího žijícího hudebního skladatele Řecka.
Brzy se také začal politicky angažovat. Po zavraždění levicového politika Grigorise Lambrakise v květnu 1963 (o této události později v roce 1969 režisér Costa-Gavras natočil proslulý snímek "Z", ke kterému Theodorakis zkomponoval hudbu) zformoval uskupení Lambrakides a byl zvolen jeho předsedou. Téhož roku byl rovněž zvolen do řeckého parlamentu.
V roce 1964 složil hudbu pro slavný film Michaela Kakojanise ŘEK ZORBA, jehož úvodní melodie se stala světoznámou.