Po vystudování FAMU několik let zasvětil divadelnímu sdružení Pražská pětka, výtvarné skupině Tvrdohlaví, ale hlavně pak filmovým studiím na Barrandově: nejprve od roku 1984 jako asistent produkce a později jako zástupce vedoucího produkce. Za produkci se podílel hlavně na filmech režiséra Tomáše Vorla Pražská pětka a Kouř.
Kromě toho se Václav Marhoul věnuje herectví v Divadle Sklep a občas i účinkuje ve filmech a TV seriálech (např. Skřítek, Redakce, Horákovi). Je členem prezídia a dozorčím rady České filmové a televizní Akademie a v roce 2003 se svým debutem Mazaný Filip úspěšně zařadil i mezi filmové režiséry.