Tom Kenny vyrostl ve městě East Syracuse ve státě New York. V mládí se věnoval komiksům, kreslení vtipných obrázků a sbírání desek. V Bostonu a San Franciscu se Tom začal věnovat stand-up komedii. To vedlo k vystoupení na každé kabelové show, které vznikly v důsledku rozmachu stand-upu v 80. a 90. letech, a také k účinkování v The Dennis Miller Show (1992), The Pat Sajak Show (1989) a Late Night with Conan O'Brien (1993).
Tom se připojil k obsazení seriálu Mr. Show with Bob and David (1995), kde se seznámil se svou budoucí manželkou Jill Talley. Společně se podíleli na The Mark Thomas Comedy Product (1996), The Show With Two Heads, Not Necessarily the Election (1996), videoklipu Smashing Pumpkins Tonight, Tonight a videoklipu Sing od Travise.