„Žádám od filmu to, co většina Severoameričanů žádá od psychedelických drog.“
Od roku 1965 Jodorowsky pobývá v Mexiku, věnuje se divadlu a psaní, ale stále více tíhne k filmu a komiksu. Film „Fando a Lys“, jehož natáčení můžeme označit za minimálně nestandardní, byl podobně nestandardním způsobem přijat na festivalu v Acapulcu, kde musel Jodo prchnout přímo z premiéry. Film byl zakrátko zakázán, Alexandro přesto na filmování nezanevřel a vrhl se na svůj ryze autorský projekt „El Topo“. Snímek se stal kultem půlnočních projekcí v USA a mezi jeho oddané fanoušky patřilo i mnoho hvězd tehdejšího showbusinessu. Díky nim získal Jodorowsky peníze na svůj další projekt „Holy Mountain.“
V roce 1975 se Jodorowskému naskytla příležitost zfilmovat kultovní sci-fi román Duna od Franka Herberta. Na díle měli coby výtvarníci spolupracovat např. Moebius a H. R. Giger, hudbu měli složit Pink Floyd a imperátora si měl „střihnout“ Salvador Dalí. Z projektu však zakrátko sešlo a látky se zmocnil David Lynch.
Na dalším scénáři pracoval celých šest let – v roce 1989 na jeho základě vznikl film "Santa Sangre", který tentokrát mocně chválila i kritika. Další dva snímky (Tusk a Zloději duhy) zapadly, navíc se k nim Alexandro odmítá hlásit, neboť byly vytvořeny pod nátlakem a bez možnosti tvůrčí svobody. V současné době uvažuje o pokračování filmu El Topo.