Jonathan Caouette natočil krátké filmy The Ankle Slasher (1987), The Techniques and Science of Eva (1988), Pig Nymph (1990), The Hospital (2001) a Fame (2002). Jako herec menšího regionálního divadla se také objevil v několika inscenacích. S muzikálem The Rocky Horror Show absolvoval turné po Evropě, hrál v různých reklamách, spotech na MTV a studentských filmech.