Tento populární a v Americe velmi oblíbený herec a režisér se narodil 19. srpna 1952 v Bethlehemu, stát Pensylvánie. Zde také vystudoval univerzitu. Ve studiích pokračoval na Harvardu. Několik let hrál v Loebově dramatickém centru v Massachusetts. Po nějaké době odcestoval do New Yorku. Než se dostal na Broadway, kde hrál především malé epizodní role, živil se jako číšník.
Jonathan Frakes také rád píše knihy. V roce 1996 se na knižní pulty dostal jeho román nazvaný Únosci - Konspirace. Jeho manželkou je od roku 1988 herečka Genie Francis, kterou poznal během natáčení seriálu SEVER A JIH. Českým divákům je známý také jako průvodce mystery seriálem VĚŘTE - NEVĚŘTE.