Libertad Mariposa Phoenix se narodila jako čtvrté dítě Arlyn Sharon Dunetz a Johna Lee Bottoma v Caracasu ve Venezuele. Její nejstarší bratr River Phoenix, který byl mladý a talentovaný herec, v osmnácti nominovaný na oscara, zemřel v roce 1993 ve svých 23 letech na předávkování drogami. Má dvě sestry. O čtyři roky starší Rain je herečka a zpěvačka a o dva roky mladší Summer je také herečka, hudebně nadaná a manželka herce Caseyho Afflecka. Nejslavnější z jejích sourozenců je o dva roky starší bratr Joaquin, který je úspěšný herec, již dvakrát nominovaný na Oscara.
Žije na Floridě. Vlastní a provozuje Indigo Green - Zelená řešení pro zdravý domov.