Peter Kubelka sa narodil 23. marca 1934 vo Viedni a svoje detstvo strávil na vidieku v hornorakúskom Taufkirchene. Na gymnáziu študoval v mestách Linz a Wels. V tomto období sa venoval predovšetkým atletike a v roku 1953 sa stal juniorským majstrom Rakúska v hode diskom. V tej dobe už bol študentom filmového oddelenia Hochschule für Musik und Darstellende Kunst (HMDK) vo Viedni a súbežne so zahájením filmového štúdia sa začal Kubelka aktívne venovať judu.
V tom istom roku bol Kubelka pozvaný na svetovú výstavu do Bruselu, aby tu premietal svoje filmy. Bohužiaľ, film Schwechater na nátlak rakúskeho pivovaru, nemohol byť premietaný. V Bruseli sa Kubelka stretáva s americkými avantgardistami, ktorými sú Stan Brakhage, Kenneth Anger či Robert Breer. V sedemdesiatych rokoch jeho filmová tvorba viacmenej ustáva. Od roku 1978 sa venoval predovšetkým pedagogickej činnosti a vareniu. Pracoval vo Frankfurte nad Mohanom, na Staatliche Kunsthochschule, kde bol po dvoch rokoch menovaný profesorom.
Začiatkom osemdesiatych rokov založil hudobnú skupinu Spatium Musicum, ktorá sa vyznačovala premenlivým obsadením a s ktorou v priebehu nasledujúcich rokov absolvoval množstvo koncertov nielen v Európe, ale aj v Spojených štátoch. Kubelku zaujímalo predovšetkým využitie akustických vlastností priestoru. Peter Kubelka je bratom spisovateľky Susanny Kubelky. Oženil sa s maliarkou Gertie Fröhlich, s ktorou má dcéru Marieli Fröhlich.