Původně vystudoval ČVUT, pak režii na FAMU, načež začal pracovat v Československé televizi. Jako asistent režie se podílel na tvorbě Antonína Moskalyka, v polovině 60. let se dostal k vlastní režijní činnosti. Původně točil krátké filmy a dokumenty, pro televizi režíroval také záznamy divadelních představení (jeho snaha o moderní pojetí televizního záznamu se však minula účinkem – KRÁL UBU, 1968).
Po odchodu do důchodu Zdeněk Kubeček působil jako pedagog na FAMU. Zemřel po dlouhé nemoci v Praze 21. července 2007.