První režijní aktivity svázal s hudební scénou: na svém kontě má úspěšné videoklipy pro Beastie Boys, R.E.M. nebo Bjork a řadu mimořádně úspěšných reklamních spotů. Spike je spolu s Chrisem Cunninghamem a Michelem Gondrym nejvýznamnějším tvůrcem hudebních klipů. Jeho průlomem byl klip k "Sabotage" od Beastie Boys, s kterým obdržel přívětivou kritiku a mnoho cen. Od té doby pravidelně vyhrává na MTV Video Music Awards a dokonce jeho klip k písni "Praise You" od Fatboye Slima byl vybrán diváky MTV jako nejlepší všech dob.
Jonze je spřízněn s filmařským klanem Coppolů (je bratrancem Francise Forda Coppoly a manželem Sofie Coppolové) a příležitostně i hraje: objevil se např. ve filmu Allison Andersové MI VIDA LOCA (1993), v thrilleru Davida Finchera HRA (1997), komedii TŘI KRÁLOVÉ (1999) či v V KŮŽI JOHNA MALKOVICHE (1999). V TV seriálu “THE JACKAAS“ (2000) ztvárnil part devadesátiletého starce.