„Víc než cokoli jiného si užívám humor. Skutečně nesedím jen s hlavou v dlaních a nepláču pořád.“
Svůj specificky temně zelený pohled získal po maďarských a ruských předcích ze strany matky a Španělů a Irů ze strany otce. Přináší mu zajímavé role a jistou oblibu u divaček, na druhou stranu si Joaquin s sebou vždy nese určitou nevyrovnanost, nadměrnou sebekritičnost a pochybnosti o svém výkonu. Vyrůstal v uzavřeném světě početné rodiny misionářů náboženské sekty Boží děti a základního vzdělání se mu dostalo od rodičů. Otec John Bottom byl původně truhlářem a matka Arlyn Dunetz sekretářkou, později se otec stal arcibiskupem sekty pro Venezuelu. Na oslavu nových začátků si rodina změnila jméno na Phoenix a se svými pěti potomky se neustále pohybovala po oblastech Latinské Ameriky, než na čas zakotvila v Los Angeles. Sám Joaquin se narodil 28. října 1974 na slunečném ostrově Puerto Rico.
V Los Angeles pět dětí přiživujících se pouličními hudebními vystoupeními získalo vlastního agenta a začalo natáčet reklamy na cokoliv kromě produktů z masa a mléka, protože byli vychováváni jako striktní vegani. Joaquinův starší bratr River Phoenix byl zanedlouho označován za jednoho z nejtalentovanějších mladých herců a oba sourozenci spolu hráli v několika televizních seriálech. Joaquinova první role tedy byla v epizodě sitcomu Seven Brights for Seven Brothers (1982), který už pravidelně obýval River, ale jeho skutečný filmový debut přišel až ve Vesmírném táboře.
V letech 1984 – 1991 se Joaquin Rafael Phoenix objevil v několika převážně televizních filmech pod jménem Leaf (v angličtině list), které si v raném dětství vymyslel, aby lépe korespondovalo se zvláštními jmény jeho sourozenců (River, Rain, Liberty, Summer) a taky aby se vyhnul jeho notoricky špatné výslovnosti ze strany okolí. Na konci osmdesátých let se nestálá rodina přestěhovala na Floridu a Joaquin musel poprvé přemýšlet, zda tak neskončí se sotva započatou hereckou profesí. Universal Pictures tam však právě otevíralo nové studio a tmavovlasého mladíka obsadilo do role adolescenta v Rodičovství. Byl však zklamán nabídkou rolí pro patnáctiletého kluka a raději se rozhodl pro poznávání světa. Přesídlil tenkrát k otci do Mexika, protože jejich rodiče již žili odděleně.