Ing. Marek Beneš v dětství žil se svými rodiči v Roztokách u Prahy. Později se přestěhoval přímo do Prahy. S manželkou Věrou má dvě děti, Lubomíra a Terezu, které s ním pracují v jejich rodinné firmě Patmat s.r.o.
Od roku 1988 animoval v Krátkém filmu Praha pod vedením svého otce, režiséra a výtvarníka Lubomíra Beneše filmy ze seriálu Pat a Mat. V této práci pokračoval i po roce 1989 v soukromém studiu Aif s.r.o. Pro tuto společnost psal různé náměty a režíroval epizody zmíněného seriálu. Marek Beneš odešel po smrti svého otce v roce 1996 do kabelové televize, kde měl na starosti vysílání informačního kanálu.
S počátkem nového tisíciletí se opět vrátil k animované tvorbě ve vlastním studiu Patmat s.r.o., kde píše a režíruje nové epizody seriálu s postavami Pata a Mata. Ze 129 epizod seriálu jich Marek Beneš režíroval 66. Jeho společnosti Patmat s.r.o. a Patmat film s.r.o. produkovaly nové díly tohoto seriálu.