Jon Foster pochádza z Bostonu, Massachusetts, kde sa narodil Gillian a Stevenovi Fosterovým, majiteľom reštaruácie. Jeho brat Ben (taktiež herec) svojich rodičov opisuje ako voľnomyšlienkárskych hippiekov. Obaja bratia vyrastali v židovskom náboženstve. Celá rodina sa presunula do Iowi po tom, ako zažili vlámanie v ich dome v Bostone.