Jan Němeček vystudoval v době okupace fotografii na grafické škole. Po osvobození v roce 1945 začal pracovat v barrandovských laboratořích, poté v trikovém ateliéru a později jako asistent kamery (nejčastěji u Jana Čuříka – filmy Žižkovská romance, Páté oddělení, Holubice, Každá koruna dobrá, Neschovávejte se, když prší).
Po reorganizaci a normalizaci ve Filmovém studiu Barrandov na počátku sedmdesátých let přešel Jan Němeček do televize, kde natočil seriál pro děti Míša Kulička (1973) a seriál Nebezpečí smyku (1975). K celovečernímu filmu se vrátil v roce 1977 hudební komedií Ať žijí duchové režiséra Oldřicha Lipského. Následovaly filmy Tajemství Ocelového města (1978), Kdo přichází před půlnocí (1979), Divoký koník Ryn (1981), Dva kluci v palbě (1983), Kam doskáče ranní ptáče (1986). Kvůli vážnému onemocnění přestal pracovat v roce 1986.
Jan Němeček se objevil v několika drobných hereckých rolích ve filmech (např. Vrchní prchni), ale zejména v televizi. Na počátku sedmdesátých let pracoval také v západoněmecké televizi – kriminální filmy Millionen nach Mas (1970), Auftrag: Mord (1970) či Steig ein und stirb (1973).