Emilia Clarke se narodila v Londýně a vyrostla v Berkshire. Její otec je divadelní zvukový technik, matka podnikatelka a mladší bratr studuje politiku. Její zájem o herectví začal když ve třech letech viděla muzikál Show Boat, na kterém v té době pracoval i její otec. Vzdělávala se na školách ST Edward's ( 2000-2005) a Rye ST Antony. Na škole Drama Centre London absolvovala v roce 2009. Kdyby nebyla herečka, chtěla by být architektka, zpěvačka nebo grafička. Je fanouškem fotbalového klubu Chelsea FC, přezdívá se jí Milli a umí zpívat, hrát na piáno, flétnu a na kytaru.
Rok 2010 byl pro Emilii průlomový, získala totiž roli Daenerys Targaryen ve fantasy seriálu Hra o Trůny který byl natočen v produkci HBO podle bestseleru Píseň ledu a ohně od George R.R Martina. Tato role jí přinesla několik ocenění a mnoho nominací. V roce 2011 byla oceněna jako nejlepší herečka ve vedlejší roli v dramatické seriálu a v roce 2013 ve stejné kategorii byla nominována na cenu Emmy.
V roce 2013 si také zahrála ve filmu Spike island a v témže roce ztvárnila hlavní roli v broadwayském divadle ve Snídaně u Tiffanyho. V příštím roce by se měla objevit po boku Arnolda Schwarzeneggera ve filmu Terminátor: Genesis v roli Sáry Connorové.