Christopher McQuarrie se narodil v roce 1968 v Princeton Junction, New Jersey, kde také navštěvoval střední školu s režisérem Bryanem Singerem. První rok po ukončení školy pracoval v zahraničí na internátní škole v západní Austrálii, po návratu do USA pracoval čtyři roky v detektivní agenturě v New Jersey.
McQuarrie v současnosti žije v Los Angeles a má ženu Heather McQuarrie.