Mark Waters absolvoval režijní program na americkém filmovém institutu. Jeho celovečerní režijní debut byla temná komedie DŮM PŘITAKÁNÍ. Film měl premiéru na filmovém festivalu Sundance 1997, kde herečka v hlavní roli Parker Posey získala zvláštní cenu poroty za svůj výkon v roli šílené Jackie. Waters k filmu napsal scénář podle stejnojmenné hry od Wendy MacLeod.
V roce 2008 se Waters odklonil od dosavadního žánru a natočil fantasy dobrodružství KRONIKA RODU SPIDERWICKŮ. Film s rozpočtem 90 milionů dolarů utržil celosvětově 163 milionů. Poté se vrátil ke komediím a v roce 2009 natočil romantiku BEJVALEK SE NEZBAVÍŠ a konečně v roce 2011 rodinnou komedii s Jimem Carrey v hlavní roli, PAN POPPER A JEHO TUČŇÁCI. K naprosté většině Watersových filmů hudbu skládá britský skladatel Rolfe Kent.